蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)組學實驗指南

第1章 蛋白質(zhì)組學導論
　1.1 蛋白質(zhì)組學定義
　1.2 為何除基因組學外還要有蛋白質(zhì)組學？
　1.3 蛋白質(zhì)的鑒定和分析
　1.4 差異顯示蛋白質(zhì)組學（比較蛋白質(zhì)組學）
　1.5 翻譯后修飾
　1.6 蛋白質(zhì)微陣列
　1.7 捕獲分子和靶分子
　參考文獻
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第2章 單向聚丙烯酰胺凝膠電泳
　2.1 聚丙烯酰胺凝膠電泳的基本原理
　2.2 SDS用于變性的聚丙烯酰胺凝膠
　2.3 乙酸-尿素 PAGE根據(jù)蛋白質(zhì)的大小和電荷分離蛋白質(zhì)
　2.4 三羥甲基甘氨酸 SDS-PAGE分離小分子多肽
　2.5 非變性PAGE（自然凝膠電泳）分離天然蛋白和蛋白復合體
　實驗方案
　參考文獻
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第3章 細胞和亞細胞提取物的制備
　3.1 通過機械或化學方法破碎組織及細胞
　3.2 通過變性和復性從包含體中回收重組蛋白
　3.3 富含目的蛋白的亞細胞提取物的制備
　實驗方案
　參考文獻
　選讀文獻
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第4章 固相化pH梯度雙向凝膠電泳
　4.1 雙向凝膠電泳樣品的制備
　4.2 第一向：固相pH梯度等電聚焦電泳
　4.3 第二向：根據(jù)分子量分離蛋白質(zhì)
　4.4 雙向凝膠的染色
　4.5 雙向凝膠中蛋白質(zhì)的轉(zhuǎn)移
　4.6 雙向凝膠圖像的獲取和分析
　實驗方案
　參考文獻
第5章 反相高效液相色譜
　5.1 RP-HPLC基于疏水相互作用分離分子
　5.2 RP-HPLC標準色譜條件
　5.3 微柱反相色譜——適合蛋白質(zhì)組學的研究方法
　實驗方案
　參考文獻
　選讀文獻
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第6章 蛋白質(zhì)氨基端及羧基端序列分析
　6.1 Edman降解法對多肽進行氨基端測序
　6.2 限制序列分析速度的幾個環(huán)節(jié)
　6.3 應(yīng)用HPLC和PAGE制備微量測序樣品
　6.4 不能進行測序的蛋白質(zhì)需去封閉
　6.5 磷酸化位點的微量測序分析有助于繪制信號途徑
　6.6 固相測序儀是回收磷酸化氨基酸的最好方法
　6.7 其他氨基端反應(yīng)法
　6.8 羧基端測序方法存在的問題
　6.9 自動化羧基端測序
　6.10 高靈敏度高效率的羧基端分析
　6.11 氨基端和羧基端序列組合分析
　實驗方案
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第7章 電泳分離的蛋白質(zhì)肽譜和序列分析
　7.1 制備肽譜的微量方法和大規(guī)模方法
　7.2 消除蛋白質(zhì)分子內(nèi)部的共價交聯(lián)以提高肽譜質(zhì)量
　7.3 酶法和化學法裂解多肽鏈
　7.4 基于SDS-PAGE的肽譜制備方法（Cleveland法）
　7.5 肽譜用于確定蛋白質(zhì)中的二硫鍵
　7.6 應(yīng)用RP-HPLC制備肽譜
　實驗方案
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第8章 質(zhì)譜在蛋白質(zhì)組學中的應(yīng)用
　8.1 基本原理
　8.2 現(xiàn)代離子化方法：離子如何形成
　8.3 串聯(lián)質(zhì)譜儀
　8.4 串聯(lián)質(zhì)譜儀的質(zhì)量分析器結(jié)構(gòu)
　8.5 質(zhì)譜與蛋白質(zhì)分離方法聯(lián)用進行蛋白質(zhì)混合物的分離和分析
　8.6 體內(nèi)及體外標記方法：質(zhì)譜用于定量和表達蛋白質(zhì)組學
　8.7 利用MS數(shù)據(jù)鑒定蛋白質(zhì)的搜索引擎
　8.8 總結(jié)
　實驗方案
　參考文獻
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第9章 用蛋白質(zhì)組學方法繪制磷酸化位點圖譜
　9.1 完整磷酸化蛋白的檢測和分析
　9.2 通過蛋白質(zhì)的裂解獲得磷酸化蛋白多肽
　9.3 用MS或MS/MS來確定磷酸化蛋白的特性
　9.4 用MS/MS對磷酸化多肽進行測序
　9.5 對磷酸化蛋白特征進行分析的多維策略
　9.6 用于磷酸化多肽序列分析的MS和MS/MS技術(shù)的出現(xiàn)
　9.7 總結(jié)
　實驗方案
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第10章 蛋白質(zhì)復合體性質(zhì)的研究
　10.1 mRNA的選擇性剪接對蛋白質(zhì)產(chǎn)物活性的特定影響
　10.2 用相互作用組描述生理復合體
　10.3 利用酵母雙雜交分析與蛋白質(zhì)組學方法研究蛋白質(zhì)間相互作用
　10.4 用親和捕獲技術(shù)分析蛋白質(zhì)相互作用
　10.5 了解多蛋白質(zhì)復合體的結(jié)構(gòu)
　10.6 FRET分析體內(nèi)蛋白質(zhì)相互作用
　10.7 通過測定結(jié)合常數(shù)來分析蛋白質(zhì)間相互作用
　10.8 蛋白質(zhì)微陣列促進大規(guī)模的蛋白質(zhì)研究
　實驗方案
　參考文獻
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第11章 蛋白質(zhì)組學實驗結(jié)果的詮釋：利用生物信息學發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)、功能及其相互作用
　11.1 基因及其同源體的識別
　11.2 預測蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能
　11.3 蛋白質(zhì)在通路中的定位和蛋白質(zhì)細胞功能的識別
　參考文獻
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附錄1 參考圖表
附錄2 技術(shù)
附錄3 注意事項
附錄4 供應(yīng)商
索引