基因組數(shù)據(jù)分析手冊

第1章 大規(guī)模基因組測序策略與技術(shù)
1.1 大規(guī)?；蚪M測序的常用技術(shù)
1.2 大規(guī)模測序的策略
1.3 逐步克隆法測序策略
1.4 全基因組霰彈法測序策略
1.5 大規(guī)模基因組測序的現(xiàn)狀與發(fā)展趨勢
第2章 生物信息數(shù)據(jù)庫
2.1 文獻檢索
2.2 核酸序列數(shù)據(jù)庫檢索
2.3 基因組序列數(shù)據(jù)庫檢索
2.4 氨基酸序列數(shù)據(jù)庫
2.5 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫PDB
2.6 疾病相關(guān)基因數(shù)據(jù)庫
第3章 序列聯(lián)配(BLAST、slM4)
3.1 Blast
3.2 Sim4
第4章 多序列聯(lián)配(Clustal W)
4.1 C1ustal簡介
4.2 目的
4.3 原理
4.4 步驟
4.5 結(jié)果及分析
第5章 測序分析軟件(Phred／Phrap／Consed)
5.1 Phred堿基讀取程序
5.2 Phrap序列組裝程序
5.3 Consed圖形化視圖
第6章 EST序列分析系統(tǒng)
6.1 EST通道化分析系統(tǒng)(EST Analysis Pipeline System TM)
6.2 用戶登錄
6.3 主界面和界面說明
6.4 模塊功能列表
第7章 蛋白質(zhì)序列的功能注釋、分類和代謝途徑分析
7.1 蛋白質(zhì)序列的功能注釋
7.2 蛋白質(zhì)序列的功能分類
7.3 蛋白質(zhì)序列的代謝途徑分析
7.4 蛋白質(zhì)序列綜合注釋示例
第8章 ORF的搜尋及蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測
8.1 ORF的搜尋
8.2 蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測
8.3 用Swiss-model進行蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測
8.4 用PROSPECT進行蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測
第9章 華大基因研發(fā)中心網(wǎng)絡(luò)資源
9.1 BTN簡介
9.2 PASDB簡介
9.3 RICE GD簡介
9.4 UNIBLAST簡介
9.5 HGP簡介
9.6 TTEN簡介
第10章 Bioperl 簡介