農(nóng)業(yè)害蟲病原真菌基因功能研究

第一章導(dǎo)論
11研究背景
12研究現(xiàn)狀
121真菌侵染過程的研究
122真菌產(chǎn)生代謝物的研究
123侵染后的宿主防御研究
124相互作用的三級程度研究
125被侵染的昆蟲致死性行為變化研究
126昆蟲病原菌的傳播方式研究
127昆蟲宿主-病原菌模型的遺傳多樣性研究現(xiàn)狀
128昆蟲病原真菌的流行病學(xué)研究
129建模
1210控制潛力
1211毒力基因與非毒力基因
13研究技術(shù)路線
第二章基因功能的實(shí)驗(yàn)研究過程
21載體結(jié)構(gòu)
22質(zhì)粒的擴(kuò)大培養(yǎng)與提取（以天根質(zhì)粒提取試劑盒為例）
23質(zhì)粒酶切
24回收酶切質(zhì)粒（OMEGA凝膠回收試劑盒）
25目的基因的尋找與電子PCR
26酶切位點(diǎn)分析
27引物設(shè)計(jì)和接頭添加
28PCR擴(kuò)增
29上樣電泳
210PCR產(chǎn)物回收
211酶切質(zhì)?；厥瘴锖蚉CR純化產(chǎn)物的連接
212感受態(tài)大腸桿菌轉(zhuǎn)化
213陽性克隆鑒定
214靶基因的下游片段重組
215重組完整的質(zhì)粒電轉(zhuǎn)到農(nóng)桿菌
216農(nóng)桿菌侵染目標(biāo)真菌
217真菌轉(zhuǎn)化子培養(yǎng)與PCR驗(yàn)證
2171真菌轉(zhuǎn)化子培養(yǎng)與PCR驗(yàn)證過程
2172微量DNA提取試劑配方
218真菌轉(zhuǎn)化子的Southern Blotting雜交驗(yàn)證
2181真菌基因組DNA提取
2182Southern Blotting雜交操作
第三章基因功能的生物信息學(xué)研究
31Motif的分析與再現(xiàn)
311序列下載
312Motif分析
313Motif分析再現(xiàn)
314MEME的應(yīng)用
32Motif的批量分析方法
321文件準(zhǔn)備
322導(dǎo)入數(shù)據(jù)與設(shè)置
323細(xì)節(jié)調(diào)整與文件保存
324空間位置大小調(diào)節(jié)
325文本設(shè)置
326其他
33多基因組比對和共線性分析Mauve軟件
34蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測（SWISS-MODEL）
35同源性分析—進(jìn)化樹構(gòu)建
351Mega軟件構(gòu)建進(jìn)化樹
352clustalx與Mega聯(lián)合構(gòu)建進(jìn)化樹
353在線比對與Mega聯(lián)合構(gòu)建進(jìn)化樹
354構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹需要注意的問題
355系統(tǒng)發(fā)育樹的美化
36小RNA分析方法
361數(shù)據(jù)下載
362mRNA差異表達(dá)
363lncRNA差異表達(dá)
364miRNA差異表達(dá)
365ceRNA網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
37基因編碼蛋白的二級結(jié)構(gòu)預(yù)測
371PSIPRED Workbench在線預(yù)測
372COILS在線預(yù)測卷曲結(jié)構(gòu)
373Jpred4在線預(yù)測
374scratchproteomics在線預(yù)測
375Predict Protein在線預(yù)測
376信號肽的在線預(yù)測
38蛋白質(zhì)的物理化學(xué)性質(zhì)預(yù)測
39基因的模體識別與解析
310蛋白結(jié)構(gòu)的可視化
311基因的富集信號通路分析
312分子對接分析
3121分子對接的基礎(chǔ)
3122Chimera軟件分子對接過程
3123分子對接細(xì)節(jié)展示
3124分子對接結(jié)果平面化
313蛋白活性口袋的預(yù)測
314antiSMASH數(shù)據(jù)庫—微生物次生代謝物合成基因簇查詢和
預(yù)測
315蛋白的多級構(gòu)比對分析
316Circos在線繪圖
第四章蝗綠僵菌微管蛋白（β-tubulin）基因的功能
41研究背景
42研究的內(nèi)容
43實(shí)驗(yàn)材料
431主要儀器設(shè)備
432主要試劑和培養(yǎng)基
44實(shí)驗(yàn)方法
441菌株和培養(yǎng)條件
442生物信息學(xué)分析
443真菌基因組DNA和RNA提取
444熒光染色及觀察
445Southern blotting
446載體構(gòu)建及轉(zhuǎn)化子的獲得
447孢子和蟲菌體的計(jì)數(shù)
448產(chǎn)孢量的測定
449昆蟲生測
4410PCR擴(kuò)增程序和條件
4411數(shù)據(jù)處理
45結(jié)果分析
451蝗綠僵菌β-tubulin基因的生物信息學(xué)分析
452蝗綠僵菌目標(biāo)基因β-tubulin基因敲除和回復(fù)轉(zhuǎn)化子的
驗(yàn)證
453蝗綠僵菌β-tubulin基因?qū)湫螒B(tài)和菌絲形態(tài)的
影響
454蝗綠僵菌β-tubulin基因?qū)Χ玖Φ挠绊?br />455蝗綠僵菌β-tubulin基因?qū)Ξa(chǎn)孢的影響
456蝗綠僵菌β-tubulin基因?qū)η秩窘Y(jié)構(gòu)附著胞的影響
457蝗綠僵菌β-tubulin基因在細(xì)胞核事件中的功能
46討論
第五章蝗綠僵菌MaPpt1負(fù)調(diào)控微循環(huán)產(chǎn)孢和紫外抗性
51研究背景
52研究內(nèi)容和技術(shù)路線
521研究內(nèi)容
522研究技術(shù)路線
53實(shí)驗(yàn)材料
531主要儀器設(shè)備
532主要試劑和培養(yǎng)基
54實(shí)驗(yàn)方法
541菌株和培養(yǎng)條件
542生物信息學(xué)分析
543真菌基因組DNA和RNA提取
544熒光染色及觀察
545Southern blotting
546載體構(gòu)建及轉(zhuǎn)化子的獲得
547孢子和蟲菌體的計(jì)數(shù)
548產(chǎn)孢量的測定
549昆蟲生測
5410RNA的提取和定量分析
5411磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)分析
5412數(shù)據(jù)處理
55結(jié)果分析
551蝗綠僵菌MaPpt1基因的生物信息學(xué)分析
552蝗綠僵菌MaPpt1目標(biāo)基因的敲除和回復(fù)菌株的
構(gòu)建
553蝗綠僵菌MaPpt1對菌落表型的影響
554蝗綠僵菌MaPpt1對產(chǎn)孢量的影響
555蝗綠僵菌MaPpt1對紫外逆境抗性的影響
556蝗綠僵菌中MaPpt1在濕熱逆境中的作用和表達(dá)模式的
分析
557MaPpt1在紫外和濕熱逆境中的作用
558蝗綠僵菌MaPpt1在不同培養(yǎng)基上對產(chǎn)孢的影響
559蝗綠僵菌MaPpt1對毒力的影響
5510蝗綠僵菌MaPpt1調(diào)控的信號途徑材料的選擇及RNA
質(zhì)量評估
5511蝗綠僵菌MaPpt1 基因的敲除改變了產(chǎn)孢的信號
途徑
5512蛋白質(zhì)組學(xué)分析MaPpt1在產(chǎn)孢和UV抗性的作用
機(jī)制
5513MaPpt1調(diào)控的基因網(wǎng)絡(luò)
56討論
第六章主要結(jié)論與展望
附錄
AqRT-PCR數(shù)字表達(dá)譜驗(yàn)證結(jié)果
B蛋白質(zhì)組學(xué)分析結(jié)果
C蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜圖
D縮略詞
E常用色素配制及使用方法
F常用抗生素配制及使用方法
G常用培養(yǎng)基
H常用試劑配制方法
I常用酸堿指示劑及變化范圍
J常用生物鑒定引物