計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)教程

第一章 定量構(gòu)效關(guān)系(QSAR)
一、實(shí)驗(yàn)?zāi)康?br /> 二、實(shí)驗(yàn)要求
三、實(shí)驗(yàn)原理
1 比較分子力場(chǎng)分析方法(CoMFA)
2 比較分子相似性指數(shù)分析方法((CoMSIA)
四、實(shí)驗(yàn)內(nèi)容
1 背景介紹
2 實(shí)驗(yàn)操作
【參考文獻(xiàn)】
第二章 藥效團(tuán)模型
一、實(shí)驗(yàn)?zāi)康?br /> 二、實(shí)驗(yàn)要求
三、實(shí)驗(yàn)原理
1 藥效團(tuán)特征的種類
2 藥效團(tuán)模型的構(gòu)建
3 基于藥效團(tuán)模型藥物設(shè)計(jì)方法的應(yīng)用
四、實(shí)驗(yàn)內(nèi)容
1 背景介紹
2 實(shí)驗(yàn)操作
【參考文獻(xiàn)】
第三章 結(jié)構(gòu)優(yōu)化
一、實(shí)驗(yàn)?zāi)康?br /> 二、實(shí)驗(yàn)要求
三、實(shí)驗(yàn)原理
四、實(shí)驗(yàn)內(nèi)容
1 構(gòu)建化合物并優(yōu)化結(jié)構(gòu)
2 保證水分子的C2v1點(diǎn)群
3 保證Ge6的Dh對(duì)稱性計(jì)算
4 同分異構(gòu)體的單點(diǎn)能計(jì)算
5 靜電勢(shì)表面ESF(Electrostatic potential surfaces)計(jì)算
6 觀察分子振動(dòng)
7 預(yù)測(cè)紅外光譜和拉曼光譜
第四章 分子對(duì)接
一、實(shí)驗(yàn)?zāi)康?br /> 二、實(shí)驗(yàn)要求
三、實(shí)驗(yàn)原理
四、實(shí)驗(yàn)內(nèi)容
1 LibDock對(duì)接方法及蛋白一配體相互作用的打分評(píng)價(jià)
2 CDOCKER和對(duì)接姿態(tài)分析
3 SYBYL軟件的分子對(duì)接模塊Smflex-Dock
4 MOE軟件的分子對(duì)接模塊I)ock
5 總結(jié)
【參考文獻(xiàn)】
第五章 分子動(dòng)力學(xué)模擬
一、實(shí)驗(yàn)?zāi)康?br /> 二、實(shí)驗(yàn)要求
三、實(shí)驗(yàn)原理
四、實(shí)驗(yàn)內(nèi)容
1 普瑞巴林的溶劑化模型及分子動(dòng)力學(xué)模擬
2 MIDM2一抑制劑復(fù)合物的分子動(dòng)力學(xué)模擬
【參考文獻(xiàn)】