基于WWW的生物信息學(xué)應(yīng)用指南

第1章 引論
1.1 基因組／蛋白質(zhì)組信息學(xué)
1.1.1 基因組信息學(xué)
1.1.2 蛋白質(zhì)組信息學(xué)
1.2 互聯(lián)網(wǎng)與生物信息學(xué)
1.2.1 互聯(lián)網(wǎng)基礎(chǔ)
1.2.2 生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫
1.2.3 生物信息學(xué)軟件
1.3 生物信息學(xué)門戶網(wǎng)站
1.3.1 美國國立生物技術(shù)信息中心
1.3.2 歐洲生物信息研究所
1.3.3 瑞士蛋白質(zhì)分析專家系統(tǒng)
1.3.4 北京大學(xué)生物信息中心
第2章 序列查詢和遞交
2.1 Entrez查詢系統(tǒng)
2.1.1 簡介
2.1.2 Entrez系統(tǒng)的基本查詢功能
2.1.3 查詢策略
2.2 LocusLink查詢系統(tǒng)
2.3 SRS查詢系統(tǒng)
2.4 序列信息遞交
第3章 序列相似性搜索
3.1 概述
3.1.1 序列相似性與同源性
3.1.2 全局和局部序列比對
3.1.3 比對分?jǐn)?shù)矩陣和空位罰分
3.1.4 比對算法
3.1.5 比對分?jǐn)?shù)的統(tǒng)計(jì)學(xué)評價
3.2 序列相似性搜索
3.2.1 BLAST
3.2.2 Fasta
第4章 基因識別
4.1 基因組外顯子預(yù)測
4.1.1 從頭預(yù)測
4.1.2 相似性比較預(yù)測
4.2 基于EST的基因鑒定
第5章 多序列比對
5.1 ClustaIW
5.2 BOXSHADE
第6章 蛋白質(zhì)基序和結(jié)構(gòu)域識別
6.1 PROSITE patterns和PROSITE profile
6.2 Pfam和Prodom
6.3 SMART
6.4 Blocks和PRINTS
6.5 InterPro
第7章 進(jìn)化樹構(gòu)建
7.1 PHYLIP軟件包
7.2 ClustaIW程序
第8章 蛋白三維同源模型構(gòu)建
第9章 基因數(shù)字化差異表達(dá)分析
第10章 核苷酸序列的一般分析
10.1 序列格式轉(zhuǎn)換
10.2 互補(bǔ)和反向序列的轉(zhuǎn)換
10.3 核苷酸序列統(tǒng)計(jì)
10.4 序列注釋
10.5 序列翻譯與ORF預(yù)測
10.5.1 EBI的Transeq
10.5.2 ExPASy的Translatetool
10.5.3 0RF識別
10.6 限制性酶切分析
10.7 質(zhì)粒作圖
10.8 引物設(shè)計(jì)
10.8.1 通用引物在線設(shè)計(jì)程序Primer3
10.8.2 簡并引物在線設(shè)計(jì)程序GeneFisher
第11章 蛋白序列的其他特征分析
11.1 氨基酸基本理化特性分析
11.2 蛋白的亞細(xì)胞定位
11.3 膜蛋白跨膜區(qū)預(yù)測
11.4 蛋白序列二級結(jié)構(gòu)預(yù)測
11.4.1 JPred預(yù)測服務(wù)器
11.4.2 PredictProtein預(yù)測服務(wù)器
第12章 整合的序列分析
第13間 蛋白質(zhì)組信息學(xué)