生物催化和生物降解：有機化合物的微生物轉(zhuǎn)化

 生物降解和生物催化的一般概念1 11 術(shù)語的定義2 12 生物催化和生物降解的更多信息資源4 參考文獻42 生物降解和微生物催化概念的發(fā)展史5 21 地球上生物降解的開端5 22 早期人類對生物降解和生物催化的觀察7 23 早期生物降解科學研究和“自然發(fā)生說”的爭論8 24 源于自然的微生物純培養(yǎng)11 25 微生物代謝活動多樣性研究的早期歷史12 26 生物新陳代謝的同一性13 27 氧和加氧酶14 28 厭氧生物催化的歷史17 29 分子遺傳學和調(diào)控19 210 有機合成中的微生物22 211 概要23 參考文獻233 通過富集培養(yǎng)和篩選確定新的微生物催化作用27 31 為什么使用富集培養(yǎng)？28 32 一般方法31 33 培養(yǎng)條件和培養(yǎng)基的選擇34 34 篩選專一性生物催化反應34 35 概要35 參考文獻364 微生物的多樣性--有機化合物分解代謝的廣泛分布41 41 微生物多樣性的重要性41 42 真菌在生物催化和生物降解中的作用43 43 生物降解和生物催化能力在原核生物界的分布47 44 具有特異性代謝途徑的微生物的特異性生物降解56 45 生物降解中的好氧微生物和厭氧微生物57 46 具有寬泛的分解代謝能力的代表性微生物58 47 生物降解中的同生菌65 48 全球生物降解和超級有機體的概念67 49 概要68 參考文獻695 有機官能團的多樣性：使生物化學的統(tǒng)一性相形見絀75 51 元素微生物的全球循環(huán)76 52 事實與謬誤：天然產(chǎn)物與人工合成化學品及其生物降解78 53 一種有機官能團的分類80 54 自然界中發(fā)現(xiàn)的有機官能團83 55 自然界中發(fā)現(xiàn)的環(huán)狀化合物89 56 有機官能團：對其生物降解和微生物催化，我們知道多少？ 92 57 概要94 參考文獻946 生理過程：酶類、乳化、吸收和趨化性99 61 對環(huán)境化學物質(zhì)的一般生理反應100 62 酶類101 63 酶底物專一性103 64 吸收--使底物接近酶107 65 乳化作用--提高基質(zhì)有效性108 66 對有機溶劑抗性111 67 趨化性--趨向底物112 68 概要114 參考文獻1147 分解代謝酶和代謝途徑的進化121 71 歷史122 72 微生物生物催化中的主要蛋白質(zhì)家族124 73 進化原理在微生物分解代謝中的應用128 74 分解途徑進化中的基因轉(zhuǎn)移132 75 案例研究:酰胺水解酶蛋白家族中酶的進化134 76 概要139 參考文獻1398 代謝邏輯理論和代謝途徑圖143 81 總述143 82 C1代謝圖146 83 C2代謝圖148 84 環(huán)烷烴代謝圖150 85 BTEX代謝圖：好氧代謝151 86 BTEX代謝圖：厭氧代謝152 87 PAH代謝圖153 88 雜環(huán)代謝圖155 89 三嗪環(huán)代謝圖155 810 有機鹵化物代謝圖156 811 金屬有機物代謝圖158 812 概要159 參考文獻1609 微生物生物催化和生物降解的預測163 91 為什么預測生物降解途徑是必要的？164 92 生物降解預測體系165 93 界定主途徑167 94 界定與微生物分解代謝有關(guān)的有機官能團168 95 預測生物催化和生物降解的基礎171 96 多于兩個官能團：需要經(jīng)驗法173 97 概要175 參考文獻17510 微生物的生物技術(shù)：化學品生產(chǎn)與生物修復177 101 歷史進展和概念發(fā)展178 102 最近的趨勢180 103 發(fā)酵終產(chǎn)物--藥品181 104 微生物催化生產(chǎn)手性產(chǎn)物184 105 2,4-滴丙酸的手性合成185 106 非藥物及非手性特殊化學品的生物催化186 107 廢物再生的生物技術(shù)189 108 生物修復的實例研究--土壤中的莠去津191 109 概要195 參考文獻19511 基因組學對微生物催化的影響199 111 基因組的大小和組成199 112 基因組學的當前影響207 113 微生物生物催化中的功能基因組學210 114 現(xiàn)代生物化學教科書中的疏漏213 115 逆向功能基因組學和生物催化作用新發(fā)現(xiàn)的事例214 116 概要214 參考文獻21512 微生物催化作用和生物降解的范圍：微生物是萬能的嗎？217 121 微生物酶的多樣性218 122 實驗提示新的生物催化反應是普遍存在的221 123 酶的可塑性和新的生物催化劑223 124 概要224 參考文獻22413 重要問題和前景225 131 問題和對最終答案的一些看法225 132 摘要228附錄229 A 與生物降解和生物催化有關(guān)的書籍和雜志229 B 生物降解和生物催化方面有用的因特網(wǎng)信息231索引235"