蛋白質(zhì)組學(xué)：從序列到功能

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前言
縮略語
概述
第一章基因組學(xué)與蛋白質(zhì)組學(xué)
1引言
2cDNA表達(dá)文庫的制取.機(jī)器化陣列.PCR膜構(gòu)建.寡核百酸指紋非冗余套的制備.DNA芯片上的復(fù)雜雜交
2.lDNA文庫的構(gòu)建
2.2大規(guī)模熱循環(huán)和高密度陣列的構(gòu)建
2.3實(shí)驗(yàn)室自動(dòng)化和高密度陣列的新進(jìn)展
2.4文庫歸一化和用寡核苷酸指紋產(chǎn)生Unigme套
2.5通過在DNA微陣列上的復(fù)雜雜交獲得不同的差異表達(dá)譜
2.6自動(dòng)化圖像分析
3蛋白陣列.cDNA表達(dá)庫制備自動(dòng)化技術(shù)在蛋白陣列和芯片制備中的應(yīng)用及蛋白芯片在蛋白質(zhì)組學(xué)中的應(yīng)用
3.lUniprotein套和蛋白陣列的產(chǎn)生與應(yīng)用
4通過高分辨二維電泳(2DE)鑒定特定細(xì)胞類型或組織在特定時(shí)間的蛋白組成
4.1蛋白質(zhì)組學(xué)與基因組學(xué)
4.2二維聚丙烯酰胺凝膠電泳(2DE)
4.3聯(lián)合的萬DE數(shù)據(jù)庫
4.42DE分析自動(dòng)化
5用質(zhì)譜連接當(dāng)前蛋白質(zhì)組學(xué)和基因組學(xué)的方法
6前景和發(fā)展
6.1基因組學(xué)
6.2蛋白組學(xué)
6.3尚需發(fā)展之處
7總結(jié)
參考文獻(xiàn)
第二章基因表達(dá)的檢測方法
1緒論
2DNA陣列雜交
2.lcDNA陣列
2.2寡核苷酸陣列
3不基于DNA陣列的mRNA定量方法
3.1基于序列測定的方法學(xué)
3.2差異顯示PCR(DDPCR)
4結(jié)論
參考文獻(xiàn)
第三章蛋白質(zhì)組分析中的二維聚丙烯酰胺凝膠電泳
l引言
2二維聚丙烯酰胺凝膠電泳發(fā)展史
3固相pH梯度(immobilizedpHgradientIPG)二維電泳
4樣品制備
4.1可溶性樣品
4.2組織樣品
4.3細(xì)胞
4.4樣品分級(jí)
5溶解
6還原
7一維固相pH梯度等電聚焦(IEFwithIPG)
7.1IPG凝膠制備
7.2IPG膠條重泡脹
7.3加樣和運(yùn)行
7.4IPGIEFpH梯度的選擇
7.5聚焦時(shí)間的優(yōu)化
8兩維間平衡
9二維SDSPAGE
10分辨率
11重復(fù)性
12展望
參考文獻(xiàn)
第四章聚丙烯酰胺凝膠和轉(zhuǎn)印膜上蛋白質(zhì)的檢測
1引言
2有機(jī)染料和銀染
2.1有機(jī)染料
2.2銀染
3負(fù)染
3.1金屬鹽染料
3.2鋅咪挫染料
4膠體擴(kuò)散染料
4.1印度墨水染料
4.2膠體金屬染料
5有機(jī)熒光團(tuán)染料
5.1共價(jià)結(jié)合熒光團(tuán)
5.2非共價(jià)結(jié)合熒光團(tuán)
6金屬螯合染料
6.1比色金屬螯合染料
6.2發(fā)光金屬螯合染料
7結(jié)論
參考文獻(xiàn)
第五章蛋白質(zhì)鑒定和磷酸化位點(diǎn)分析的質(zhì)譜方法
1引言
1.1蛋白質(zhì)鑒定途徑
2質(zhì)譜基礎(chǔ)知識(shí)
2.lMALDlMS
2.2ESIMS
3以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的相關(guān)鑒定策略
3.l膚質(zhì)量檢索(Peptidema$searching)
3.2未解析碎片離子的檢索
4用質(zhì)譜數(shù)據(jù)對(duì)肽段從頭測序(denovosequencing)
5磷酸化位點(diǎn)分析的各種方法
5.1磷酸化分析的原理
5.2磷酸化分析策略
5.3磷蛋白的檢測和分離
5.4磷酸肽的分離
5.5確定磷酸化氨基酸類型
5.6磷酸化位點(diǎn)的確定
5.7酶分析法及磷蛋白分析的未來方向
6目前及將來面臨的機(jī)遇和挑戰(zhàn)
參考文獻(xiàn)
第六章二維凝膠電泳的圖像分析
1介紹
2數(shù)據(jù)獲取
2.1獲取圖像設(shè)備
3數(shù)字化圖像加工
4蛋白質(zhì)斑點(diǎn)檢測和定量
5凝膠配比
6數(shù)據(jù)分析
7數(shù)據(jù)呈遞
8數(shù)據(jù)庫
8.12DE數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建
8.2比較網(wǎng)上分布的2DE數(shù)據(jù)庫
9結(jié)論
參考文獻(xiàn)
第七章增強(qiáng)高通量蛋白質(zhì)組分析:穩(wěn)定同位素標(biāo)記的影響
1前言
2樣品制備
3二維凝膠分離和分析
3.l自動(dòng)化二維聚丙烯酰胺凝膠電泳(2DEPAGE)
3.2蛋白質(zhì)的掃描檢測和定量
3.3通過穩(wěn)定同位素標(biāo)記定量2DE凝膠中的蛋白質(zhì)
3.42DE凝膠蛋白點(diǎn)的分離
3.5蛋白質(zhì)酶解/碎裂
4質(zhì)譜:使用質(zhì)譜數(shù)據(jù)鑒定蛋白質(zhì)
4.1質(zhì)量指紋肽譜
4.2小序列標(biāo)簽多肽紋譜
5質(zhì)譜:使用串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)鑒別蛋白質(zhì)
5.1串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)采集
5.2串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)庫檢索
5.3自動(dòng)化串聯(lián)質(zhì)譜解釋和數(shù)據(jù)庫檢索
5.4數(shù)據(jù)解釋工具
參考文獻(xiàn)
第八章蛋白質(zhì)組學(xué)的自動(dòng)化:高通員蛋白分析的技術(shù)和信息學(xué)途徑
1歷史回顧
1.1蛋白化學(xué)家面臨的困難
1.2蛋白質(zhì)組學(xué)的發(fā)展史
2蛋白質(zhì)組學(xué)的自動(dòng)化技術(shù)解決途徑
2.12DE膠的自動(dòng)化
2.22DE膠的全自動(dòng)
2.32DE自動(dòng)化
3蛋白質(zhì)組學(xué)的信息解決途徑
3.1蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫
3.2蛋白質(zhì)組學(xué)工具
3.3生物信息學(xué)展望
4結(jié)語
參考文獻(xiàn)
第九章瓶頸:自動(dòng)化蛋白質(zhì)組分析的完整途徑
1引言
2二維電泳結(jié)合質(zhì)譜:蛋白質(zhì)組的典型范例?
3自動(dòng)化概念
4二維凝膠電泳的顯色
4.1二維凝膠
4.2富集和分部收集技術(shù)
4.3顯像技術(shù)
4.4自動(dòng)染色
5圖像分析
6自動(dòng)化機(jī)器人
6.1斑點(diǎn)切取
6.2斑點(diǎn)酶切和膚提取
6.3肽脫鹽.純化在MALDI靶上點(diǎn)樣
7質(zhì)譜的接口策略
8機(jī)器人模塊圖像分析軟件和信息數(shù)據(jù)庫之間的鏈接
9結(jié)論
參考文獻(xiàn)
第十章蛋白質(zhì)表達(dá)分析新方法
1引言
2功能蛋白質(zhì)組研究范圍
3蛋白質(zhì)組分析:基于2DE的戰(zhàn)略
4除二維凝膠電泳以外的蛋白質(zhì)表達(dá)分析方法
4.1依賴于分離的方法
4.2不依賴分離的方法:蛋白質(zhì)芯片
5結(jié)語
參考文獻(xiàn)
第十一章蛋白質(zhì)組分析在藥物開發(fā)和毒理學(xué)中的應(yīng)用
1引言
2數(shù)據(jù)的使用
2.1比較分析
2.2生物標(biāo)志物蛋白質(zhì)的檢測
2.3詳細(xì)的基因表達(dá)調(diào)控分析
2.4蛋白質(zhì)功能預(yù)測
3結(jié)論與展望
參考文獻(xiàn)
第十二章噬菌體抗體作為蛋白質(zhì)組學(xué)研究工具
1蛋白質(zhì)組學(xué)方法
1.1來源于EST數(shù)據(jù)庫的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)
1.2抗體是蛋白質(zhì)特異分子探針的合理選擇
1.3關(guān)鍵技術(shù)概觀
2噬菌體抗體庫的構(gòu)建和應(yīng)用
2.1抗體片段在噬菌體上的展示
2.2抗體庫的構(gòu)建
2.3庫的大小和多樣性
2.4從噬菌體抗體庫中篩選特異抗體
2.5高通量的篩選
2.6作為試劑的噬菌體抗體
2.7來源于噬菌體庫中的可溶性抗體
2.8以IgG的形式表達(dá)
3噬菌體抗體在功能基因組研究中的應(yīng)用
3.1ProAbTM方法
3.2采用生物信息學(xué)方法了解EST的意義
3.3合成抗原
3.4高通量篩選識(shí)別肽抗原的噬菌體抗體
3.5高通量的ICC工分析
3.6生物信息學(xué)
3.7PrQAbTM計(jì)劃的應(yīng)用實(shí)例
4噬菌體抗體在蛋白質(zhì)組學(xué)中的應(yīng)用
4.1常規(guī)的選擇抗膜蛋白的噬菌體抗體
4.2提高膜蛋白篩選的導(dǎo)向選擇
4.3ProxiMolTM方法及應(yīng)用
4.4ProxiMo」TM方法在蛋白質(zhì)組學(xué)研究中的應(yīng)用
參考文獻(xiàn)
第十三章糖生物學(xué)與蛋白質(zhì)組學(xué)
1引言
2什么是糖蛋白?
2.lN糖鏈結(jié)構(gòu)
2.2o連接結(jié)構(gòu)
2.3糖基磷脂酚肌醇(GPI)固定結(jié)構(gòu)
3為什么蛋白質(zhì)組學(xué)對(duì)糖蛋白感興趣?
3.1糖蛋白與受精
3.2糖蛋白與疾病
4蛋白質(zhì)組中的糖分析
4.1重組糖蛋白分析
4.2經(jīng)分離的膠上糖蛋白
5結(jié)論
參考文獻(xiàn).
第十四章學(xué)術(shù)環(huán)境中的蛋白質(zhì)組學(xué)
1引言
2為什么不在學(xué)術(shù)環(huán)境中進(jìn)行蛋白質(zhì)組研究?
3為什么要在學(xué)術(shù)環(huán)境中進(jìn)行蛋白質(zhì)組研究?
3.1大學(xué)能否承擔(dān)得起蛋白質(zhì)組的研究經(jīng)費(fèi)?
3.2如果沒有學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)企業(yè)能承擔(dān)蛋白質(zhì)組學(xué)研究嗎?
3.3目前蛋白質(zhì)組學(xué)的研究尚不健全嗎?某些人看到局限性
3.4學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)的蛋白質(zhì)組學(xué)研究對(duì)企業(yè)是有益的
4大學(xué)的蛋白質(zhì)組學(xué)研究提供許多優(yōu)勢(shì)
4.1大學(xué)能對(duì)企業(yè)的資源進(jìn)行迅速而靈活的反應(yīng)且價(jià)格合理
4.2大學(xué)愿意與臨床樣本接近
4.3大學(xué)不僅研究醫(yī)學(xué)應(yīng)用
4.4大學(xué)的基礎(chǔ)研究將被公眾接近
4.5大學(xué)培養(yǎng)學(xué)生
5大學(xué)的讓產(chǎn)易股(spinoff)公司
6結(jié)論
參考文獻(xiàn)
第十五章作為植物遺傳和育種工具的蛋白質(zhì)組學(xué)
1引言
2遺傳多樣性分析
2.1種內(nèi)和種間的遺傳差異
2.2品種.品系和栽培品種的區(qū)別
3基因組的表達(dá)
3.1突變特征
3.2器官和發(fā)育階段的變異性
3.3非生物脅迫反應(yīng)蛋白的鑒定與分析
4遺傳作圖和候選蛋白
4.1蛋白標(biāo)記的遺傳作圖
4.2蛋白數(shù)量位點(diǎn)(PQL)和候選蛋白
5方法學(xué)進(jìn)展和植物蛋白數(shù)據(jù)庫
6總結(jié).前景展望
參考文獻(xiàn)