簡明生物信息學(xué)

第1章 緒論
1．1 生物信息學(xué)的產(chǎn)生與發(fā)展
1．1．1生物學(xué)發(fā)展與計(jì)算機(jī)應(yīng)用
1．1．2生物信息學(xué)及分支學(xué)科
1．1．3生物信息學(xué)發(fā)展階段與研究方向
1．1．4我國生物信息學(xué)研究的發(fā)展方向
1．2 生物信息學(xué)基本方法與前沿技術(shù)
1．2．1基本方法
1．2．2前沿技術(shù)
1．3 生物信息學(xué)的應(yīng)用
1．3．1生物信息的經(jīng)濟(jì)價(jià)值與生物信息學(xué)市場
1．3．2基因組分析
1．3．3基因芯片
1．3．4藥物開發(fā)
1．3．5其他應(yīng)用領(lǐng)域
1．4 生物信息學(xué)教育與學(xué)習(xí)
1．4．1生物信息學(xué)教育項(xiàng)目
1．4．2生物信息學(xué)的學(xué)習(xí)與實(shí)踐
1．4．3本書要點(diǎn)
閱讀材料
參考文獻(xiàn)
第2章 生物信息學(xué)的計(jì)算機(jī)基礎(chǔ)
2．1 數(shù)據(jù)管理與數(shù)據(jù)庫技術(shù)
2．1．1數(shù)據(jù)管理的3種形式及其特點(diǎn)
2．1．2數(shù)據(jù)庫基本概念
2．1．3數(shù)據(jù)庫體系結(jié)構(gòu)的3個(gè)抽象級(jí)別和兩級(jí)數(shù)據(jù)獨(dú)立性
2．1．4關(guān)系數(shù)據(jù)庫
2．1．5數(shù)據(jù)庫的保護(hù)
2．1．6數(shù)據(jù)庫是高層應(yīng)用的基礎(chǔ)
2．2 計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)與Internet
2．2：1局域網(wǎng)與廣域網(wǎng)
2．2．2客戶機(jī)／服務(wù)器體系結(jié)構(gòu)
2．2．3網(wǎng)絡(luò)中的常用組件
2．2．4Internet及其發(fā)展
2．2．5TCP／IP協(xié)議
2．2．6IP地址和域名服務(wù)
2．2．7與Internet的連接方式
2．2．8Internet提供的服務(wù)
2．3 Internet上的高級(jí)信息管理
2．4 Java及移動(dòng)計(jì)算
2．5 數(shù)據(jù)倉庫和數(shù)據(jù)挖掘
2．6 其他的計(jì)算機(jī)知識(shí)
2．6．1算法和算法分析
2．6．2相似性度量
2．6．3配對(duì)算法
2．6．4分類與聚類
2．6．5隱馬爾可夫模型
2．6．6人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)
思考題
閱讀材料
參考文獻(xiàn)
第3章 生物信息學(xué)資源與數(shù)據(jù)挖掘工具
3．1 引言
3．2 生物信息學(xué)資源
3．2．1基因組信息
3．2．2蛋白質(zhì)信息
3．2．3整合生物學(xué)信息
3．3 分子數(shù)據(jù)挖掘工具
3．3．1序列相似性查詢軟件
3．3．2通用序列查詢和模式識(shí)別工具
3．3．3構(gòu)建序列查詢協(xié)議
3．3．4數(shù)據(jù)挖掘工具例子——GeneMine
思考題
閱讀材料
參考文獻(xiàn)
第4章 DNA序列分析
4．1 引言
4．1．1為什么要分析DNA序列
4．1．2基因結(jié)構(gòu)與DNA序列分析
4．2 表達(dá)序列標(biāo)簽分析
4．2．1CDNA文庫與表達(dá)序列標(biāo)簽
4．2．2EST數(shù)據(jù)庫
4．2．3EST分析
4．2．4電子克隆CDNA全長序列
4．3 序列對(duì)位排列
4．3．1記分矩陣
4．3．2點(diǎn)標(biāo)方法
4．3．3全局排列與局部排列
4．3．4CLUSTAL軟件
思考題
閱讀材料
參考文獻(xiàn)
第5章 分子系統(tǒng)發(fā)育分析
5．1 分子進(jìn)化的基本概念
5．1．1同源性與同源性狀
5．1．2類群
5．1．3系統(tǒng)（發(fā)育）樹
5．2 分子進(jìn)化模型與序列分歧度計(jì)算
5．2．1核苷酸序列進(jìn)化
5．2．2蛋白質(zhì)編碼序列進(jìn)化
5．2．3核苷酸序列分歧度
5．2．4蛋白質(zhì)編碼序列分歧度
5．3 分子系統(tǒng)樹的構(gòu)建
5．3．1距離矩陣法
5．3．2簡約法
5．4 分子系統(tǒng)樹檢驗(yàn)
5．4．1一致性指數(shù)與一致樹
5．4．2統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)
5．5 分子系統(tǒng)發(fā)育分析軟件及應(yīng)用
5．5．1軟件包
5．5．2應(yīng)用實(shí)例
思考題
閱讀材料
參考文獻(xiàn)
第6章 基因組分析
6．1 引言
6．2 基因組分析原理
6．2．1基因組的結(jié)構(gòu)組成與穩(wěn)定性
6．2．2基因組作圖
6．2．3基因組計(jì)劃
6．3 功能基因組學(xué)
6．3．1功能基因與功能基因組學(xué)
6．3．2非確定讀碼（uRF)
6．3．3直系同源體簇（COG)
6．4 比較基因組學(xué)
6．4．1基本原理
6．4．2主要方法
6．4．3功能網(wǎng)絡(luò)
6．5 基因組分析系統(tǒng)實(shí)例——ACeDB
6．5．1ACeDB的主要結(jié)構(gòu)與功能
6．5．2ACeDB的應(yīng)用實(shí)例
思考題
閱讀材料
參考文獻(xiàn)
第7章 蛋白質(zhì)組分析
7．1 引言
7．1．1什么是蛋白質(zhì)組
7．1．2為什么需要蛋白質(zhì)組學(xué)
7．1．3蛋白質(zhì)組研究的發(fā)展
7．1．4蛋白質(zhì)組分析中的信息學(xué)工具
7．2 蛋白質(zhì)組分析技術(shù)
7．2．1蛋白質(zhì)組分析的出發(fā)點(diǎn)
7．2．2蛋白質(zhì)組分析的技術(shù)路線
7．2．3蛋白質(zhì)組分析的關(guān)鍵技術(shù)
7．2．4蛋白質(zhì)組分析模型與數(shù)據(jù)庫
7．2．5SWISS-PROT應(yīng)用實(shí)例
思考題
閱讀材料
參考文獻(xiàn)
附錄1生物信息學(xué)相關(guān)網(wǎng)址
附錄2生物信息學(xué)相關(guān)刊物
附錄3英漢名詞索引
附錄4縮略詞表