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系統(tǒng)生物學與發(fā)酵工程

系統(tǒng)生物學與發(fā)酵工程

定 價:¥180.00

作 者: 劉立明
出版社: 中國輕工業(yè)出版社
叢編項: 生物工程理論與應用前沿叢書
標 簽: 暫缺

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ISBN: 9787518423187 出版時間: 2024-12-01 包裝: 平裝-膠訂
開本: 16開 頁數(shù): 字數(shù):  

內(nèi)容簡介

  《系統(tǒng)生物學與發(fā)酵工程》主要內(nèi)容包括系統(tǒng)生物學資源庫和研究工具;重要發(fā)酵工業(yè)微生物的全基因組規(guī)模網(wǎng)絡模型的構建與應用;系統(tǒng)生物學在維生素C、燃料乙醇、丙酮酸發(fā)酵、益生菌生產(chǎn)、白酒釀造中的應用以及系統(tǒng)生物學在畢赤酵母生產(chǎn)外源蛋白中的應用。

作者簡介

  劉立明,男,1976年3月出生,長江學者,江南大學生物工程學院畢業(yè),博士學位,江南大學食品科學與技術國家重點實驗室教授,博士生導師,中國微生物學會會員,中國生物工程學會會員。

圖書目錄

 第1章 緒 論 
 第1節(jié) 系統(tǒng)生物學的發(fā)展概況
一、 系統(tǒng)生物學的產(chǎn)生和發(fā)展
二、 系統(tǒng)生物學的研究內(nèi)容和方法
三、 系統(tǒng)生物學的實踐
第二節(jié) 系統(tǒng)生物學在發(fā)酵工程中的應用與發(fā)展趨勢
一、 工業(yè)系統(tǒng)生物學與系統(tǒng)代謝工程
二、 工業(yè)系統(tǒng)生物學的應用
三、 工業(yè)系統(tǒng)生物學的發(fā)展趨勢
參考文獻
第二章 系統(tǒng)生物學資源庫和研究工具
 第1節(jié) 綜合性組學數(shù)據(jù)庫
一、 美國國家生物技術信息中心
二、 歐洲生物信息研究所數(shù)據(jù)庫
三、 日本 DNA 數(shù)據(jù)庫
四、 中國國家基因庫
第二節(jié) 生物途徑網(wǎng)絡數(shù)據(jù)庫
一、 綜合性代謝途徑數(shù)據(jù)庫
二、 轉錄調控途徑數(shù)據(jù)庫
三、 細胞信號通路數(shù)據(jù)庫
第三節(jié) 蛋白質結構與相互作用數(shù)據(jù)庫
一、 蛋白質結構數(shù)據(jù)庫
二、 蛋白與蛋白相互作用數(shù)據(jù)庫
第四節(jié) 生物系統(tǒng)建模和模擬工具
一、 系統(tǒng)生物模型標記語言和圖注
二、 系統(tǒng)生物網(wǎng)絡模型類型
三、 生物網(wǎng)絡模擬編輯工具
四、 Cytoscape 數(shù)據(jù)整合及網(wǎng)絡顯示平臺軟件
參考文獻
第三章 重要發(fā)酵工業(yè)微生物的全基因組規(guī)模網(wǎng)絡模型的構建與應用 
 第1節(jié) 基因組規(guī)模生物網(wǎng)絡概述
一、 基于組學大數(shù)據(jù)構建基因組規(guī)模生化模型
二、 基因組規(guī)模生物網(wǎng)絡模型解析微生物生理特性
三、 基于基因組規(guī)模生物網(wǎng)絡發(fā)展菌種生產(chǎn)性能優(yōu)化策略
第二節(jié) 基因組規(guī)模代謝網(wǎng)絡模型
一、 基因組規(guī)模代謝網(wǎng)絡模型的進展
二、 基因組規(guī)模代謝網(wǎng)絡模型的構建
三、 基因組規(guī)模代謝網(wǎng)絡數(shù)據(jù)庫平臺
第三節(jié) 基因組規(guī)模輔因子網(wǎng)絡模型的構建
一、 基因組規(guī)模輔因子網(wǎng)絡模型 icmNX6434 的構建
二、 基于模型 icmNX6434 解析輔因子代謝途徑
三、 基于模型 icmNX6434 解析工業(yè)微生物生產(chǎn)發(fā)酵特性
第四節(jié) 基因組規(guī)模轉錄調控網(wǎng)絡模型的構建
一、 轉錄調控網(wǎng)絡的數(shù)學表述
二、 轉錄調控網(wǎng)絡的構建方法
第五節(jié) 蛋白質互作網(wǎng)絡模型的構建
一、 蛋白質和蛋白質相互作用
二、 蛋白質和小分子相互作用
第六節(jié) 基因組酶約束互作網(wǎng)絡模型的構建
一、 基因組規(guī)模酶約束模型研究進展
二、 大腸桿菌酶約束模型 ec_ iML1515 的構建
第七節(jié) 微生物全細胞模型
一、 微生物全細胞模型研究進展
二、 釀酒酵母全細胞模型
參考文獻
第四章 系統(tǒng)生物學在維生素 C 發(fā)酵中的應用 
 第1節(jié) 維生素 C 生產(chǎn)菌株基因組學研究
一、 普通生酮基古龍酸菌的全基因組測序和功能基因分析
二、 巨大芽孢桿菌的全基因組測序和分析
第二節(jié) K. vulgare 基因組規(guī)模代謝網(wǎng)絡模型的構建與應用 
一、 K. vulgare 基因組規(guī)模代謝網(wǎng)絡模型的構建和基本特征
二、 基于模型 iWZ663 對 K. vulgare 的生理性能分析
三、 基于模型 iWZ663 解析 K. vulgare 合成 2-酮基-L-古龍酸
第三節(jié) 巨大芽孢桿菌基因組規(guī)模代謝網(wǎng)絡模型的構建與應用
一、 巨大芽孢桿菌基因組規(guī)模代謝網(wǎng)絡模型的構建和基本特征
二、 基于模型 iMZ1055 對巨大芽孢桿菌生理特性的解析
第四節(jié) 兩菌代謝互作網(wǎng)絡模型的構建與應用
一、 基于已有組學數(shù)據(jù)對兩菌關系的解析
二、 兩菌代謝互作網(wǎng)絡模型 iWZ-KV-663-BM-1055 的構建
三、 基于 iWZ-KV-663-BM-1055 解析兩菌相互作用
第五節(jié) 基于 GSMMs 優(yōu)化營養(yǎng)供給提高維生素 C 生產(chǎn)效率
一、 基于 GSMMs 確定 K. vulgare 的最小合成培養(yǎng)基
二、 基于 K. vulgare 生長營養(yǎng)譜優(yōu)化維生素 C 生產(chǎn)
三、 基于 GSMMs 評價山梨糖對 B. megaterium 裂解形成芽孢的影響
參考文獻
第五章 系統(tǒng)生物學在燃料乙醇發(fā)酵中的應用
 第1節(jié) 單雙倍體酵母對乙醇耐受性的組學研究
一、 單雙倍體酵母細胞對乙醇響應的轉錄組學分析
二、 單雙倍體酵母細胞對乙醇響應的代謝物組學分析
三、 單雙倍體酵母細胞對乙醇響應的蛋白組學分析
四、 單雙倍體酵母細胞對乙醇響應的比較脂組學研究
第二節(jié) 釀酒酵母對糠醛和乙酸?響應轉錄組學研究
一、 釀酒酵母對糠醛的轉錄組水平響應
二、 釀酒酵母耐受菌對糠醛的轉錄組水平響應
三、 釀酒酵母對乙酸的轉錄組水平響應
四、 釀酒酵母耐受菌對乙酸的轉錄組水平響應
第三節(jié) 糠醛和苯酚對釀酒酵母的作用定量蛋白質組學
一、 釀酒酵母及糠醛耐受菌株的比較蛋白質組學研究
二、 釀酒酵母及苯酚耐受菌株的比較蛋白質組學研究
第四節(jié) 乙醇發(fā)酵過程中的比較脂組學研究
一、 釀酒酵母普通菌株和木糖利用菌在不同培養(yǎng)基中的發(fā)酵情況
二、 膜上磷脂的變化與酵母菌株乙醇發(fā)酵的關系
參考文獻
第六章 系統(tǒng)代謝工程在丙酮酸發(fā)酵生產(chǎn)中的應用
 第1節(jié) 光滑球擬酵母全基因組解析
一、 丙酮酸工業(yè)菌株光滑球擬酵母全基因組測序
二、 光滑球擬酵母基因組規(guī)模代謝模型的構建和基本特征
三、 基于全基因組代謝模型解析光滑球擬酵母高產(chǎn)丙酮酸的生產(chǎn)性能
第二節(jié) 光滑球擬酵母生產(chǎn)丙酮酸中 NADH 的生理功能解析
一、 基于組學技術解析光滑球擬酵母異源 NAD / H 再生系統(tǒng)
二、 異源 NAD / H 再生系統(tǒng)對丙酮酸合成途徑的影響
三、 異源 NAD / H 再生系統(tǒng)對丙酮酸分解途徑的影響
第三節(jié) 光滑球擬酵母耐受高滲透壓脅迫的生理機制研究
一、 高滲脅迫對光滑球擬酵母生長和發(fā)酵性能的影響
二、 高滲脅迫對光滑球擬酵母基因表達的影響
三、 高滲脅迫對光滑球擬酵母蛋白質表達的影響
四、 基于組學技術提高 C. glabrata 抵御高鹽脅迫能力的策略
第四節(jié) 光滑球擬酵母應答酸脅迫的生理機制
一、 轉錄因子 Asg1p 和 Ha19p 應答酸脅迫的生理機制
二、 轉錄因子 Crz1p 調控光滑球擬酵母應答酸脅迫的生理機制
三、 中介體亞基 CgMED3 調控光滑球擬酵母適應酸環(huán)境的生理機制
四、 中介體亞基 CgMED15B 調控光滑球擬酵母適應酸環(huán)境的生理機制
參考文獻
第七章 系統(tǒng)生物學在益生菌 Lactobacillus casei Zhang發(fā)酵中的應用
 第1節(jié) 益生菌 L. casei Zhang 的基因組學研究 
一、 L. casei Zhang 基因組的基本特征
二、 L. casei Zhang 代謝功能基因分析
三、 L. casei Zhang 與環(huán)境的相互作用 
第二節(jié) L. casei Zhang 比較轉錄組學研究 
一、 L. casei Zhang 在牛乳發(fā)酵過程中的不同基因表達譜
二、 L. casei Zhang 在豆乳發(fā)酵過程中的不同基因表達譜
第三節(jié) 益生菌 L. casei Zhang 比較蛋白質組學研究益生菌 
一、 蛋白質組學分析 L. casei Zhang 在牛乳和豆乳中的生長差異
二、 不同酸性環(huán)境對 L. casei Zhang 蛋白質組表達譜的影響
三、 膽鹽脅迫蛋白質組研究
第四節(jié) 益生菌 L. casei Zhang 連續(xù)傳代中的基因組穩(wěn)定性研究
一、 微生物遺傳穩(wěn)定性研究
二、 L. casei Zhang 傳代期間的基因組穩(wěn)定性 
參考文獻
第八章 系統(tǒng)生物學在白酒釀造中的應用 
 第1節(jié) 白酒釀造中的微生物群落及其結構演變規(guī)律
一、 中國白酒微生物菌群結構的分子生態(tài)學分析方法的建立
二、 濃香型白酒微酒醅中微生物群落的研究
三、 清香型白酒微生物群落結構演變規(guī)律的研究
四、 醬香型白酒發(fā)酵中微生物群落結構的研究
第二節(jié) 基于代謝組學的白酒風味物質研究
一、 風味物質研究的技術方法體系
二、 不同香型白酒風味活性物質
三、 生物活性新物質的發(fā)現(xiàn)
第三節(jié) 基于基因組學的特征風味強化及不良風味消除技術
一、 不同香型白酒特征風味活性物質的產(chǎn)生
二、 基于基因組學的白酒微生物發(fā)酵風味調控
三、 基于分子生物學的不良風味消除技術
參考文獻
第九章 系統(tǒng)生物學在畢赤酵母生產(chǎn)外源蛋白中的應用 
 第1節(jié) 巴斯德畢赤酵母基因組學研究
一、 巴斯德畢赤酵母的全基因組測序
二、 巴斯德畢赤酵母的基因組注釋
第二節(jié) 巴斯德畢赤酵母的全基因組規(guī)模代謝模型
一、 畢赤酵母模型 iRY1243 的構建和基本特征 
二、 畢赤酵母代謝網(wǎng)絡模型的驗證和應用
第三節(jié) 畢赤酵母轉錄組學優(yōu)化
一、 基于 RNA-Seq 對畢赤酵母轉錄結構的分析
二、 畢赤酵母不同碳源誘導下基因差異表達分析
三、 提高目的基因轉錄水平增加人胰島素前體產(chǎn)量
第四節(jié) 高表達外源蛋白的畢赤酵母細胞的蛋白表達分析
一、 基于 iTRAQ 技術的畢赤酵母蛋白質組學
二、 不同碳源下畢赤酵母蛋白表達分析
三、 降低目的蛋白降解
參考文獻

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