網(wǎng)絡藥理學導論

第1章網(wǎng)絡靶標理論與網(wǎng)絡藥理學
1.1網(wǎng)絡藥理學： 下一代藥物研究模式
1.2中醫(yī)藥在網(wǎng)絡藥理學起源和發(fā)展中的關鍵作用
1.3網(wǎng)絡藥理學核心理論： 網(wǎng)絡靶標
1.3.1網(wǎng)絡靶標理論的提出與發(fā)展
1.3.2網(wǎng)絡靶標的概念
1.4網(wǎng)絡藥理學研究模式和特點概述
1.4.1“單靶標局部對抗”研究模式
1.4.2“網(wǎng)絡靶標系統(tǒng)調(diào)節(jié)”研究模式
1.4.3網(wǎng)絡藥理學分析典型場景
1.4.4網(wǎng)絡藥理學研究特點、挑戰(zhàn)及發(fā)展方向
參考文獻
第2章基于人工智能算法的網(wǎng)絡藥理學在藥物研發(fā)中的應用
2.1運用于網(wǎng)絡藥理學的人工智能方法介紹
2.1.1人工智能算法簡介
2.1.2人工智能算法性能評價方法
2.1.3人工智能方法應用條件
2.1.4人工智能方法的前沿和展望
2.2人工智能在網(wǎng)絡藥理學研究中的應用
2.2.1藥物靶點的預測和發(fā)現(xiàn)
2.2.2藥物作用機制的研究
2.2.3藥物新用途的發(fā)現(xiàn)
2.2.4中藥物質(zhì)基礎與中醫(yī)治療理論的研究
2.3人工智能方法的應用展望
參考文獻
第3章網(wǎng)絡藥理學常用數(shù)據(jù)庫
3.1網(wǎng)絡藥理學常用中醫(yī)藥數(shù)據(jù)庫
3.1.1ETCM： 中醫(yī)藥百科全書
3.1.2SymMap： 關注證候關聯(lián)的中醫(yī)藥整合數(shù)據(jù)庫
3.1.3BATMANTCM： 中藥分子機制的生物信息學分析平臺
3.1.4TCMID： 用于中藥分子機制分析的中醫(yī)藥整合數(shù)據(jù)庫
3.1.5其他中醫(yī)藥數(shù)據(jù)庫
3.2網(wǎng)絡藥理學常用生物相關數(shù)據(jù)庫
3.2.1OMIM： 人類孟德爾遺傳病在線數(shù)據(jù)庫
3.2.2HPO： 人類表型本體數(shù)據(jù)庫
3.2.3DisGeNET： 疾病基因關聯(lián)數(shù)據(jù)庫
3.2.4MalaCards： 疾病信息數(shù)據(jù)庫
3.3網(wǎng)絡藥理學常用靶標相關數(shù)據(jù)庫
3.3.1TTD： 治療靶標數(shù)據(jù)庫
3.3.2PDB： 蛋白質(zhì)晶體結構數(shù)據(jù)庫
3.3.3GeneCards： 基因信息數(shù)據(jù)庫
3.3.4KEGG： 京都基因與基因組百科全書
3.4網(wǎng)絡藥理學常用蛋白相互作用數(shù)據(jù)庫
3.4.1BioGRID： 生物學通用相互作用數(shù)據(jù)庫
3.4.2DIP： 蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫
3.4.3IntAct： 分子相互作用數(shù)據(jù)庫
3.4.4STRING： 基因/蛋白相互作用關系數(shù)據(jù)庫
參考文獻
第4章網(wǎng)絡藥理學常用軟件
4.1網(wǎng)絡藥理學軟件功能框架及分類
4.1.1總體軟件功能需求
4.1.2網(wǎng)絡藥理學軟件功能框架及分類
4.2網(wǎng)絡藥理學常用的Web軟件
4.2.1藥物靶標預測Web軟件
4.2.2藥物適應癥分析Web軟件
4.2.3基因功能富集分析Web軟件
4.2.4蛋白相互作用網(wǎng)絡構建Web軟件
4.3基于圖形化界面操作的軟件
4.3.1差異基因富集分析軟件
4.3.2網(wǎng)絡分析軟件
4.4基于編程語言的工具包
4.4.1C 、Java工具包的使用
4.4.2Python、R工具包的使用
參考文獻
第5章網(wǎng)絡藥理學和中醫(yī)藥現(xiàn)代化研究案例
5.1網(wǎng)絡藥理學與中醫(yī)證候研究案例
5.1.1寒、熱證候及對證方劑的網(wǎng)絡藥理學研究案例分析
5.1.2慢性乙型肝炎致肝纖維化的“同病異證”研究案例分析
5.2網(wǎng)絡藥理學與中藥方劑研究案例
5.3網(wǎng)絡藥理學與中藥創(chuàng)制研究案例
5.4網(wǎng)絡藥理學與民族藥研究案例
參考文獻
第6章網(wǎng)絡藥理學與現(xiàn)代藥物研發(fā)案例
6.1復雜疾病內(nèi)在機制和干預靶標
6.2藥物系統(tǒng)性作用機制
6.3多靶標藥物研發(fā)
6.3.1缺血性中風： 從單一藥物靶標到協(xié)同的網(wǎng)絡藥理學
6.3.2聯(lián)合網(wǎng)絡藥理學與表型篩選開發(fā)新的止痛類藥物
6.4藥物重新定位
6.4.1基于網(wǎng)絡的藥物重定位預測及基于人群的驗證
6.4.2基于網(wǎng)絡藥理學的藥物重定位發(fā)現(xiàn)新的抗抑郁藥物
6.5組合藥物研發(fā)
參考文獻
第7章基于藥物的網(wǎng)絡藥理學實踐流程
7.1尋找單味中藥或方劑的有效成分
7.1.1數(shù)據(jù)采集與處理
7.1.2網(wǎng)絡構建與可視化
7.1.3網(wǎng)絡分析與預測
7.1.4驗證與總結
7.2闡述單味中藥或方劑的藥效機制
7.2.1數(shù)據(jù)采集與處理
7.2.2網(wǎng)絡構建與可視化
7.2.3網(wǎng)絡分析與預測
7.2.4驗證與總結
7.3詮釋中藥配伍理論的科學內(nèi)涵
7.3.1數(shù)據(jù)采集與處理
7.3.2網(wǎng)絡構建與可視化
7.3.3網(wǎng)絡分析與預測
7.3.4驗證與總結
7.4解釋中藥與西藥之間的相互作用
7.4.1數(shù)據(jù)采集與處理
7.4.2網(wǎng)絡構建與可視化
7.4.3網(wǎng)絡分析與預測
7.4.4驗證與總結
7.5藥物臨床應用的重定位——中藥成分保護腦缺血再灌注損傷的新用途
7.5.1數(shù)據(jù)采集與處理
7.5.2網(wǎng)絡構建與可視化
7.5.3網(wǎng)絡分析與預測
7.5.4驗證與總結
7.6多靶點藥物的開發(fā)——中藥配伍保護低密度脂蛋白誘導的內(nèi)皮細胞
損傷
7.6.1數(shù)據(jù)采集與處理
7.6.2網(wǎng)絡構建與可視化
7.6.3網(wǎng)絡分析與預測
7.6.4驗證與總結
參考文獻
第8章基于疾病的網(wǎng)絡藥理學實踐流程
8.1冠心病疾病網(wǎng)絡構建及分析
8.1.1數(shù)據(jù)采集與處理
8.1.2網(wǎng)絡構建與可視化
8.1.3網(wǎng)絡分析與預測
8.1.4驗證與總結
8.2疾病網(wǎng)絡用于中藥方劑的研究實踐
8.2.1中藥方劑的整合作用機制研究
8.2.2中藥方劑的“君臣佐使”配伍規(guī)律研究
8.2.3中藥方劑的“益氣、活血”功效研究
參考文獻
第9章基于藥物疾病的網(wǎng)絡藥理學實踐流程
9.1化橘紅治療呼吸系統(tǒng)疾病的網(wǎng)絡藥理學研究
9.1.1化橘紅治療呼吸系統(tǒng)疾病的作用靶點預測
9.1.2化橘紅治療呼吸系統(tǒng)疾病的作用靶點驗證
9.1.3化橘紅治療呼吸系統(tǒng)疾病的調(diào)控網(wǎng)絡分析
9.2丹紅注射液治療心血管疾病的網(wǎng)絡藥理學研究
9.2.1丹紅注射液治療心血管疾病的作用靶點預測
9.2.2丹紅注射液治療心血管疾病的作用靶點驗證
9.2.3丹紅注射液治療心血管疾病的調(diào)控網(wǎng)絡分析
參考文獻
附錄A網(wǎng)絡藥理學評價方法指南
附錄B網(wǎng)絡藥理學評價要素與評價指標
附錄C網(wǎng)絡藥理學研究報告示例
后記