《馬注思想研究》以馬注的思想發(fā)展為線索,以其思想的伊儒雙重文化認同為切入點,在晚明清初中國近世社會轉型的大文化背景下,對馬注伊斯蘭思想體系進行了系統(tǒng)考察?!恶R注思想研究》主要論證內容如下:馬注是兼具回(伊)儒兩種文化氣質的穆斯林思想家,雖然其思想主體是正統(tǒng)伊斯蘭的,但是馬注也并不否定或排斥儒家文化,而是強調“回儒兼修”,呈現出明顯的回(伊)儒雙重文化認同特征;在中國伊斯蘭教發(fā)展問題上,馬注強調“回儒互補”,也是超越民族主義、衛(wèi)教主義立場的,實際是希望通過“公公理于天下”來實現其“經世”理想,這既彰顯了馬注高尚的人格精神,也為當今的“文明對話”提供了重要借鑒。