探索：基因組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)和生物信息學(xué)（第二版）

譯者序
序
前言
致謝
第一部分　基因組序列
第1章　我的孩子究竟怎么了？
　1.1　首先要關(guān)心的問題
　1.1.1　第一階段：臨床表現(xiàn)
1.1.2　第二階段：家庭病史研究
　　1.1.3　第三階段：染色體組型及連鎖分析
　1.1.4　第四階段：DNA序列分析
數(shù)學(xué)備忘錄1.1　什么是E值？
　　本節(jié)小結(jié)
　1.2　了解這一疾病的下一步工作
　1.2.1　我們需要一個(gè)動(dòng)物模式系統(tǒng)
1.2.2　同時(shí)檢索出的另一種蛋白究竟是什么？
　　1.2.3　Utrophin蛋白是否也參與了肌營(yíng)養(yǎng)不良癥的形成？
　1.2.4　Dystrophin蛋白究竟具有什么樣的功能？
數(shù)學(xué)備忘錄1.2　這幅圖究竟有什么特別？
　　1.2.5　為什么DMD的病人在出生3年后就會(huì)發(fā)生肌肉壞死？
　1.2.6　是否可能患有DMD癥卻不出現(xiàn)肌營(yíng)養(yǎng)不良的癥狀呢？
1.2.7　如果他們的dystrophin基因是正常的，那他們?yōu)槭裁磿?huì)出現(xiàn)肌營(yíng)養(yǎng)不良的癥狀呢？
　　數(shù)學(xué)備忘錄1.3　很不可能是什么意思？
　1.2.8　肌肉營(yíng)養(yǎng)障礙的研究領(lǐng)域在何處？
1.2.9　6個(gè)造成肌肉營(yíng)養(yǎng)障礙的分子起因的議題
　　1.2.10　會(huì)議的開始
1.2.11　結(jié)構(gòu)上的弱點(diǎn)
　　1.2.12　功能缺失型突變
　1.2.13　新范例：肌肉營(yíng)養(yǎng)不良的非結(jié)構(gòu)性的致病原因
數(shù)學(xué)備忘錄1.4　cGMP的產(chǎn)生是否增多了？
　　1.2.14　最后一場(chǎng)演講
　本節(jié)小結(jié)　你最終的想法
本章總結(jié)
第2章　基因組序列的獲取和分析
　2.1　基因組是如何被測(cè)序的？
　2.1.1　什么是基因組學(xué)？
　2.1.2　基因組是如何被測(cè)序的？
數(shù)學(xué)備忘錄2.1　你可以從一個(gè)點(diǎn)圖中了解什么？
數(shù)學(xué)備忘錄2.2　你怎樣尋找模體？
2.1.3　我們可以從DNA序列中預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)功能嗎？
數(shù)學(xué)備忘錄2.3　什么是“positives”，它們和E-value有何關(guān)系？
2.1.4　這些蛋白質(zhì)什么形狀？
　　2.1.5　結(jié)構(gòu)提示了功能嗎？
2.1.6　為什么數(shù)據(jù)庫(kù)中有那么多不完整序列？
2.1.7　在線注釋基因組
2.1.8　一個(gè)基因可以產(chǎn)生多少蛋白？
2.1.9　基因組能否不改變DNA序列來改變基因表達(dá)
2.1.10　DNA的第五種堿基是什么？甲基胞嘧啶
2.1.11　印跡，甲基化和癌癥
本節(jié)小結(jié)
2.2　我們從單細(xì)胞基因組中學(xué)到了什么？
2.2.1　為什么我有這么多的粉刺？
2.2.2　哪一個(gè)基因?qū)е路鄞蹋?br />2.2.3　我們體內(nèi)所有細(xì)菌都是有害的嗎？
2.2.4　微生物基因組是否可以依賴于人類基因？
2.2.5　最小基因數(shù)可能是多少？
2.2.6　所有病毒基因組都小于細(xì)菌基因組嗎？
2.2.7　Mimivirus是活的嗎？
2.2.8　基因組是否反映生物的生態(tài)位（ecological niche）？
　　數(shù)學(xué)備忘錄2.4　你能估計(jì)點(diǎn)陣圖中倒置次數(shù)嗎？
2.2.9　為什么MED4的基因組這么?。?br />2.2.10　多大的基因組變化導(dǎo)致新的物種？
2.2.11　什么生物導(dǎo)致瘧疾（Malaria）？
2.2.12　瘧原蟲有什么樣的基因組？
2.2.13　預(yù)測(cè)的蛋白質(zhì)組同樣不尋常嗎？
2.2.14　是否存在真核生物的模式基因組？
2.2.15　研究者對(duì)未來基因組研究作何預(yù)測(cè)？
　　2.2.16　酵母基因組的尾聲
本節(jié)小結(jié)　單細(xì)胞基因組分析
2.3　我們從多細(xì)胞生物基因組中學(xué)到了什么？
　　2.3.1　動(dòng)物基因組更難完成嗎？
　……
第3章　進(jìn)化論和醫(yī)學(xué)研究中的比較基因組學(xué)
第4章　基因組變異
第二部分　基因組表達(dá)
第5章　為什么我們不能只通過服食一顆藥丸來實(shí)現(xiàn)減肥計(jì)劃
第6章　DNA芯片的基礎(chǔ)研究
第7章　DNA芯片的應(yīng)用研究
第8章　蛋白質(zhì)組學(xué)
第三部分　全基因組視角
第9章　為什么我們不能治愈更多的疾病
第10章　單基因中的基因組回路
第11章　整合基因組回路
第12章　全基因組回路建模
詞匯表