R語言及Bioconductor在基因組分析中的應(yīng)用

前言
上篇　R語言
第1章　R語言簡介
1.1平臺
1.2R語言的發(fā)展簡史
1.3R語言和統(tǒng)計(jì)學(xué)
1.4運(yùn)行R語言的環(huán)境及安裝
1.5交互式使用R語言
第2章　R語言的基本數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)
2.1向量的賦值
2.2向量的基本運(yùn)算
2.3構(gòu)造向量
2.4邏輯向量
2.5字符向量
2.6復(fù)數(shù)向量
2.7獲取向量子集和修正向量子集
2.8常量
第3章　R語言對象
3.1對象的基本屬性
3.2改變對象的長度
3.3獲取對象的屬性
3.4獲取對象類
第4章　分組因子
4.1分組因子
4.2聚集計(jì)算
4.3排序
第5章　數(shù)組和矩陣
5.1定義數(shù)組
5.2數(shù)組子集操作
5.3構(gòu)造數(shù)組
5.4數(shù)組計(jì)算
5.5矩陣
5.6數(shù)組矩陣合并
5.7定義數(shù)組的操作
第6章　數(shù)據(jù)列表和數(shù)據(jù)單
6.1數(shù)據(jù)列表
6.2構(gòu)造數(shù)據(jù)列表
6.3數(shù)據(jù)列表操作
6.4數(shù)據(jù)單
第7章　導(dǎo)入導(dǎo)出數(shù)據(jù)
7.1高級函數(shù)
7.2低級函數(shù)
7.3命令臺輸入輸出以及格式化
7.4使用R語言內(nèi)含的數(shù)據(jù)集
第8章　組合表達(dá)式和控制語句
8.1組合表達(dá)式
8.2控制語句
第9章　函數(shù)
9.1排序的例子
9.2定義新的操作符
9.3參數(shù)名和參數(shù)缺省定義
9.4形式的參數(shù)(虛參)
9.5函數(shù)和變量的作用范圍
9.6類、通用函數(shù)和面向?qū)ο?br />9.7調(diào)試
9.8操作符號的優(yōu)先級
第10章　包
10.1標(biāo)準(zhǔn)包
10.2擴(kuò)展包和CRAN
10.3包命名空間
10.4R語言中常用的包
第11章　R語言中的統(tǒng)計(jì)
11.1R語言中的概率分布
11.2從離散數(shù)據(jù)集分析概率分布特性
11.3回歸分析
第12章　圖形函數(shù)
12.1高級圖形命令
12.2低級圖形函數(shù)
12.3與圖形進(jìn)行交互
12.4利用圖形參數(shù)
12.5圖形參數(shù)列表
12.6設(shè)備驅(qū)動(dòng)
12.7動(dòng)態(tài)圖形
下篇　Biocomluctor及其應(yīng)用
第13章　Bioconductm與DNA微陣列數(shù)據(jù)處理
13.1Bioconductor簡介
13.2DNA微陣列
13.3微陣列數(shù)據(jù)處理與分析
13.4Bioconductor開發(fā)背景
13.5Bioconductor各種包的分類介紹
第14章　Bioconductm的使用
14.1Bioconductor的獲取和安裝
14.2Biocondtlctor一陜速入門
14.3Bioconductor應(yīng)用實(shí)例
第15章　數(shù)據(jù)庫訪問
15.1Rdbi軟件包
15.2RdbiPgSQL軟件包
15.3SAGElyzer軟件包
第16章　圖形及用戶接口
16.1widget，Tools包
16.2tkWidgets包
16.3geneplotter包
16.4hexbin包
16.5limmaGUI包
16.6affylmGUI包
16.7webbioc包
第17章　圖結(jié)構(gòu)
17.1graph包
17.2RGBL包
17.3Rgraphviz包
17.4SNAData數(shù)據(jù)包
第18章　通用工具
18.1reposTools包
18.2Biobase包
18.3Biostrings包
18.4DynDoc包
18.5Ruuid包
18.6ctc包
18.7convert包
18.8icens包
18.9exprExternal和externalVector軟件包
第19章　注釋
19.1annotate包
19.2AnnBuilder包
19.3Resourcer包
19.4SNPtools包
19.5Data packages包
第20章　基因本體學(xué)
20.1goTools包
20.2ontoTools包
20.3Gostats包
第21章　微陣列數(shù)據(jù)預(yù)處理
21.1affy包
21.2affycomp包
21.3affydata包
21.4affypdnn包
21.5affyPLM包
21.6gcrma包
21.7makecdfenv包
21.8annaffy包
21.9marray包
21.10matchprobes包
21.11vsn包
第22章　數(shù)據(jù)分析
22.1daMA包
22.2edd包
22.3factDesign包
22.4genefilter包
22.5globaltest包
22.6gpls包
22.7multtest包
22.8pamr包
22.9MeasurementErfor.cor包
22.10limma包
22.11ROC包
22.12siggenes包
22.13splicegear包
22.14RMAGEML包
第23章　微陣列比較基因組雜交
23.1aCGH包
23.2DNAcopy包
第24章　蛋白質(zhì)組學(xué)
24.1PROcess包
24.2gpls包
24.3apComplex包
主要參考文獻(xiàn)
附錄　R語言常用功能一覽表